Ήρθε στον κόσμο σε μια γη που έχτισαν Γερμανοί μετανάστες, την Πενσυλβάνια των Η.Π.Α., τον Δεκέμβριο του 1951, ως ο πρωτότοκος από τα τρία παιδιά μιας οικογένειας με εντυπωσιακό μίγμα προγονικού αίματος στις φλέβες της:
Ο πατέρας του, Jack, ιρλανδικής και γερμανικής καταγωγής, ήταν τραγουδιστής και ντράμερ στις μεταπολεμικές big bands.
Η μητέρα του Stephanie είχε φινλανδική και σουηδική φλέβα.
Ο Jaco Pastorius, γεννήθηκε μέσα στη μουσική. Ξεκινά να παίζει ντραμς, όμως ένας τραυματισμός στο αμερικάνικο football τον αναγκάζει να σταματήσει. Αγοράζει ένα άταστο μπάσο στα 17 του και δίνεται στην εξάσκηση και το παίξιμο (κυρίως r&b και jazz) με τέτοια αφοσίωση, ώστε φθάνει στα 22 του να διδάσκει ως δεξιοτέχνης το όργανο στο Πανεπιστήμιο του Μαϊάμι. Το 1974 τον βρίσκει να παίζει και να ηχογραφεί με τον Pat Metheny και το 1976 κυκλοφορεί το ντεμπούτο του, άλμπουμ οριακό για την εποχή, καθώς επηρεάζει τις σύγχρονες τάσεις της jazz κι αναδεικνύει το ηλεκτρικό μπάσο σαν κεντρικό συνθετικό όργανο.
Πάνω στις ηχογραφήσεις εκείνου του άλμπουμ, βρίσκεται σε μια συναυλία των Weather Report, του ανερχόμενου progressive jazz οχήματος του τεράστιου πιανίστα Joe Zawinul, που μέσα στη δεκαετία του ’70 θα σημειώσει τεράστια επιτυχία.
Μόλις η συναυλία τελειώνει, πλησιάζει τον Zawinul και του συστήνεται ως «ο καλύτερος μπασίστας στον κόσμο», λέγοντάς του:«η συναυλία ήταν O.K., αλλά περίμενα κάτι καλύτερο».
Μαζί με τους Weather Report θα ζήσει 5 εκπληκτικά χρόνια, στα οποία θα συνθέσει και θα παίξει σε μερικές από τις πλέον ιδοφυείς, ατμοσφαιρικές, έντονες και πολύπλοκες μουσικές που γράφηκαν ποτέ, με τον ίδιο να επιδεικνύει ένα αμίμητο στυλ, αναμιγνύοντας ακκόρντα, αυτοσχεδιασμούς, ιδιότροπες αρμονικές γραμμές και λάτιν χτυπήματα. Μέχρι και “Third Stone From The Sun” από Hendrix, μόνο με το μπάσο.
Παίζει guest σε άλμπουμ δεκάδων σπουδαίων ονομάτων (από Al Di Meola ως Joni Mitchell) και το 1981 φεύγει από τους Weather Report για να ηγηθεί μιας big band πλέον ο ίδιος.
Έχοντας διαγνωσθεί με διπολική διαταραχή από το '82, η ζωή του Jaco αρχίζει να παίρνει την κάτω βόλτα από τις αρχές του '86, με την χρήση ναρκωτικών και αλκοόλ να τον σκοτώνουν μέρα με τη μέρα. Εξώνεται από το διαμέρισμά του στο Manhattan και αρχίζει να ζει ρακένδυτος στους δρόμους. Μετά από επιμονή της πρώην γυναίκας του και του αδελφού του, νοσηλεύεται στο Bellevue Hospital της Νέας Υόρκης λαμβάνοντας ισχυρές δόσεις λιθίου για να "ισιώσουν" οι καταστροφικές κυκλοθυμίες του.
Από τα τέλη του '86 ξαναρχίζει να ζει στους δρόμους για ολόκληρες εβδομάδες κάθε φορά, πριν τον περιμαζέψουν κάθε φορά οι δικοί του.
Στις 11 Σεπτέμβρη του '87, στο Wilton Manew της Florida καταφέρνει να χωθεί σε μια συναυλία του Carlos Santana αλλά τον πετούν έξω. Κατευθύνεται στο Midnight Bottle Club και όταν του αρνούνται την είσοδο, κατεδαφίζει τη τζαμαρία της εισόδου και πέφτει πάνω του ο Luc Havan, μπράβος του μαγαζιού και τον λιώνει στο ξύλο (πολύ κόπο θα πρέπει να έκανε για να καταφέρει τον ούτε 70 κιλά Jaco). Νοσηλεύεται με πολλαπλά κατάγματα στο πρόσωπο και σοβαρά τραύματα στο δεξί μάτι και το αριστερό του χέρι και πέφτει σε κώμα.
Αρχικά φαίνεται ότι θα τα καταφέρει, αλλά στις 21/9/1987, μια εγκεφαλική αιμορραγία παίρνει απ΄τα εγκόσμια τον μεγαλύτερο -ίσως- λευκό τζαζ μπασίστα που έζησε ποτέ. Ο Havan κατηγορήθηκε για ανθρωποκτονία 2ου βαθμού (ας πούμε για να συνεννοούμαστε, "εν βρασμώ") και αργότερα ομολόγησε την ενοχή του για ανθρωποκτονία εξ αμελείας.
Είχε λευκό ποινικό μητρώο και καταδικάσθηκε σε 22 μήνες φυλάκιση και πέντε χρόνια υπό επιτήρηση.
Συνυπολογιζομένου του χρόνου που κρατήθηκε προσωρινά, ο δράστης παρέμεινε στη φυλακή μόνον τέσσερις μήνες και βγήκε λόγω "καλής συμπεριφοράς", με αναστολή.
Ανάρμοστο τέλος για μια σπάνια μουσική ιδιοφυία.